Как выявить заказы, которые изначально были сформированы по FBS, по какой-то причине не выкуплены , и затем реализованы по системе FBO ?

Внутри API такого флага нет, вы можете понять только если у вас где-то хранится связка вашего заказа и заказа ВБ, их можно отсечь и то, что останется в итоговом списке, то и FBO

Как я понимаю, та цепочка, которую вы описываете, просто не существует как нечто цельное.

Вы продали товар по FBS, сформировался заказ.

Покупатель отказался - заказ получил возврат на СЦ, там его причислили к остаткам по FBO.

И если у вас были другие остатки по FBO, вы среди них уже не найдете этот конкретный товар, когда его выкупят по FBO.

На складе никто просто не будет делать различий между товарами, приехавшими с поставками и возвратами.